Мониторинг изменений конфигурационных файлов системы

Для отслеживания изменения конфигурационных файлов, можно использовать разного рода инструменты. Можно использовать inotify, но оно не всегда удобно.

Linux

Это называется  Linux audit trails. Как это настроить и использовать — описано здесь

FreeBSD

К сожалению, нормального аналога нет, но зато энтузиасты написали что-то похоже. Так же рекомендую прочесть другую заметку